Als Herzog Friedrich III. von Schleswig-Holstein-Gottorf 1619 ein Octroi unterzeichnete, das den „Bekennern der remonstrantisch-reformierten Religion“ einen „sicheren Wohnort mit freiem Gebrauch ihrer Religion“ zusicherte, hatte er große Pläne. Er wollte mit einer Handelsstadt an der Eider den Hamburger Zwischenhandel umgehen und mehr Steuergelder einnehmen. Der Herzog versprach den niederländischen Siedlern, die aus religiösen Gründen ihre Heimat verlassen wollten, unter anderem die Regierung in der neuen Stadt und das Recht, ihre Religion öffentlich auszuüben. Zudem sagte er Zoll- und Steuerfreiheit für zwanzig Jahre zu, einen Schiffsbauplatz, eine eigene Münze und sogar 100 Häuser wollte er auf eigene Kosten zimmern lassen.

Die neuen Siedler gehörten der „Remonstrantischen Bruderschaft“ an, einer in den Niederlanden verbotenen Gruppe von Protestanten. 1624 errichteten sie in Friedrichstadt die erste Remonstrantenkirche der Welt und die hiesige, etwa 170 Menschen umfassende Gemeinde ist heute noch die einzige außerhalb der Niederlande. Einmal monatlich kommt ein Pastor aus den Niederlanden nach Friedrichstadt, um mit der Gemeinde Gottesdienst zu feiern.

1623 erlaubte der Herzog auch die Ansiedlung von Mennoniten. Sie waren von Baubeginn an in Friedrichstadt und hatten großen Einfluss auf die Entwicklung des Ortes. Ihre Kirche, seit 1708 im Anbau eines prachtvollen Speichergebäudes untergebracht, teilen sie sich heute mit der lutherischen Gemeinde der dänischen Minderheit. Die etwa 30 Mennoniten, die heute noch in Friedrichstadt leben, werden geistlich von Hamburg aus betreut und feiern dreimal im Jahr Gottesdienst.

In den Gründungsjahren Friedrichstadts wollte Herzog Friedrich III. Handel mit Spanien treiben. Eine Bedingung der Spanier für die Aufnahme von Handelsbeziehungen war Religionsfreiheit für Katholiken in Friedrichstadt, was am 24. Februar 1625 von Friedrich III. bestätigt wurde. Die heutige Kirche wurde 1854 eingeweiht. Der Vorgängerbau war erst acht Jahre zuvor errichtet worden, jedoch kurz danach durch einen Konstruktionsfehler eingestürzt. Die katholische Kirche wurde 2003 profaniert, was mit dem Gebäude geschehen soll, ist noch unklar.

Natürlich lebten auch seit der Zeit der Stadtgründung Lutheraner hier, denn schließlich gehörte der Herzog selbst, wie die Mehrheit seiner Untertanen, diesem Glauben an. 1649 wurde der Neubau der lutherischen Kirche eingeweiht, die mit finanzieller Unterstützung aus Gottorf errichtet wurde. Heute ist die lutherische Gemeinde die größte Glaubensgemeinschaft in Friedrichstadt mit mehr als tausend Mitgliedern.

1677 erhielt der erste Jude eine Zuzugsgenehmigung für Friedrichstadt. Bald nach seiner Niederlassung in Friedrichstadt kaufte er ein Gelände am Treenefeld, um dort einen Friedhof anzulegen. Gottesdienst feierte die Gemeinde zunächst in einem Hinterhaus der Prinzenstraße, dann richtete sie im ältesten Haus Friedrichstadts Ecke Binnenhafen/Am Fürstenburgwall eine Synagoge ein. 1845 baute die jüdische Gemeinde eine neue Synagoge, die 1847 im Beisein von Vertretern aller Glaubensgemeinschaften eingeweiht wurde. Am 10. November 1938 wurde der Innenraum der Synagoge von Nationalsozialisten zerstört. Die Synagoge wurde zunächst als Getreidespeicher genutzt, dann noch während des Krieges zu einem Wohnhaus umgebaut. Fast alle Friedrichstädter Juden wurden in der NS-Zeit getötet, eine jüdische Gemeinde gibt es hier nicht mehr. Die ehemalige Synagoge befindet sich heute im Besitz der Stadt und wird als „Kultur- und Gedenkstätte“ genutzt.